棗樹病蟲害防治是棗農們最頭疼的問題，棗樹常見的病害有：棗銹病、棗瘋病、裂果病、棗落葉病、棗縮果病。

棗銹病是真菌侵染性病害，主要為害葉片，有時也侵害果實。發病初期，葉片背面多在中脈兩側及葉片尖端和基部散生淡綠色小點，漸形成暗黃褐色突起。發展到后期，在葉正面與夏孢子堆相對的位置，出現綠色小點，使葉面呈現花葉狀。病葉漸變灰黃色，失去光澤，干枯脫落。樹冠下部先落葉，逐漸向樹冠上部發展。

棗瘋病又稱叢枝病，病原為類菌原體。地上和地下均可感病，該病主要通過嫁接和葉蟬傳播。土壤干旱、瘠薄、肥水條件差、管理粗放，病蟲害嚴重，樹勢弱發病重；鹽堿地很少發病。發病后，棗樹正常生理紊亂，內原激素平衡失調、葉片黃化、小枝叢生，冬季不枯不落，雌雄蕊有時變成小枝或小葉，果實畸形。根部發病，根蘗也呈叢狀。

裂果病是一種生理性病害，在棗果接近成熟時，遇陰雨天大面積發生。

棗落葉病由多種原因引起，包括高溫干旱天氣，施肥不當，感染病害，感染病毒，葉螨危害等。

棗縮果病，又稱棗萎蔫果病、棗霧蔫病等，是我國各大棗區的主要病害之一。發生縮果病的棗果首先在果肩或胴部出現黃褐色不規則變色斑，進而果皮出現水漬狀、土黃色，邊緣不清，后期果皮變為暗紅色，收縮，且無光澤。果肉病區由外向內出現褐色斑、土黃色松軟。病果吃起來味苦。果柄變為褐色或黑褐色。整個病果瘦小，于成熟前脫落。